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Posted to common-user@hadoop.apache.org by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org> on 2008/06/02 19:12:24 UTC

Stackoverflow

Hi!

Trying to run a streaming.jar reduce only (mapper == cat) job, I'm getting the 
following error, any ideas what to do?

TIA,

Andreas

Hadoop map task list for job_200805291303_0088 on ec2-67-202-58-97
Killed Tasks
Task	Complete	Status	Start Time	Finish Time	Errors	Counters
tip_200805291303_0088_m_000023	0.00%
	initializing
	2-Jun-2008 16:12:05
	2-Jun-2008 16:13:41 (1mins, 35sec)
	

java.lang.StackOverflowError
	at org.apache.hadoop.mapred.MapTask$MapOutputBuffer.compare(MapTask.java:494)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
	at org.apache.hadoop.


	0
Go back to JobTracker
Hadoop, 2008.

Re: Stackoverflow

Posted by Steve Loughran <st...@apache.org>.
Andreas Kostyrka wrote:
> Ok, a new dead job: ;(
> 
> This time after 2.4GB/11,3M lines ;(
> 
> Any idea what I could do debug this?
> (No idea how to go at debugging a Java process that is distributed and does 
> GBs of data. 

Its one of the big problems of distributed computing; distributed debugging

>How does one stabilize that kind of stuff to generate a 
> reproducable situation?)

-If you are using vmware/xen or similar with a private you can snapshot 
the entire cluster, but then you are left with many GB of machine state 
to deal with. But virtualisation has its own problems, as timing can get 
very screwed up

-any hung process, kill -QUIT it and you get a stack trace

-logging, lots of it. Get all the boxes in perfect NTP-driven sync and 
you can correlate events in a single-site cluster. Dealiing with logs 
from the other side of the world is a harder problem -don't go there if 
you can help it.

The x-trace team are trying to instrument hadoop for better debugging
http://radlab.cs.berkeley.edu/wiki/Projects/X-Trace_on_Hadoop

this looks really interesting

-- 
Steve Loughran                  http://www.1060.org/blogxter/publish/5
Author: Ant in Action           http://antbook.org/

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
Ok, a new dead job: ;(

This time after 2.4GB/11,3M lines ;(

Any idea what I could do debug this?
(No idea how to go at debugging a Java process that is distributed and does 
GBs of data. How does one stabilize that kind of stuff to generate a 
reproducable situation?)

Andresa

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
On Tuesday 03 June 2008 20:35:03 Chris Douglas wrote:
> >> By "not exactly small, do you mean each line is long or that there
> >> are many records?
> >
> > Well, not small in the meaning, that even I could get my boss to
> > allow me to
> > give you the data, transfering it might be painful. (E.g. the job that
> > aborted had about 12M lines with with ~2.6GB data => the lines are
> > not really
> > long, but longer than 80 chars)
>
> Ah, I see. Would it be possible to run the Java sort example over
> your data? It would be helpful to verify that this is not specific to
> streaming.
>
> ${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
>    -r 88 \
>    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.TextInputFormat \
>    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
>    -outKey org.apache.hadoop.io.LongWritable \
>    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
>    <input dir> <ouput dir (ignored)>
>
> This should be close to streaming with cat as the mapper.
>
> >> util.QuickSort is only used on the map side, so this shouldn't have
> >> anything to do with the reduce. Is it always and only the *last* map
> >
> > Nope, although sometimes it happens earlier.
>
> Is it always the same splits when you re-run your job? Though
> distributing the full dataset may not be feasible, if there are
> splits that fail consistently then we might be able to work from that.

Who decides the splits? (If it's deterministic, it should be the same)

Well, I'm currently trying out if rerunning the job with same command on the 
same data reproduces the bug.

After that, I'll try your above proposed command.

And after that, I'll try and see if I can manage to produce a simpler data set 
to reproduce it.

>
> >> task that fails? If I sent you a patch that would print a trace with
> >> the partitions, would you mind running it? Do you have any other
> >> settings that differ from the defaults? -C
> >
> > If you tell me how to apply it, I'm happy to. (I'm not the biggest
> > Java
> > hotshot on this planet, I'm just using the provided 0.17.0 jars,
> > Guess I
> > would have to patch the source and run ant. On all nodes or just the
> > control?).
>
> Unfortunately, it would need to be deployed to all the TaskTrackers,
Well, that's not the biggest problem, I need to deploy my Python stuff to all 
nodes too, guess one item more for the big rsync run.

> and it would be pretty invasive (i.e. I was planning on logging all
> the offsets from the sort as the stack unwinds from the exception).
> I'll test something and send it to you, and if it's not too much
> trouble you can try it.

Happy to. Might be that I'll do it tomorrow, so I have longer to observe and 
revert if anything unhappy happens. (I only have this one production cluster, 
and it needs to continue munching production data).

Andreas

RE: Stackoverflow

Posted by Devaraj Das <dd...@yahoo-inc.com>.
Hi Andreas,

Here is what I did:

bin/hadoop jar build/hadoop-0.18.0-dev-examples.jar randomtextwriter
-Dtest.randomtextwrite.min_words_key=40
-Dtest.randomtextwrite.max_words_key=50
-Dtest.randomtextwrite.maps_per_host=1 textinput
(this would generate 1GB of text data with pretty long sentences. Refer
src/examples/org/apache/hadoop/examples/RandomTextWriter.java)

bin/hadoop jar build/hadoop-0.18.0-dev-examples.jar sort
-Dmapred.min.split.size=536870912 -Dio.sort.mb=256 -inFormat
org.apache.hadoop.mapred.KeyValueTextInputFormat -outFormat
org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat -outKey
org.apache.hadoop.io.Text -outValue org.apache.hadoop.io.Text   textinput
textout

(This is similar to what you run. Notice that I have a pretty high value of
the mapred.min.split.size and io.sort.mb to ensure that each invocation of
qsort processes good amount of data)

This ran perfectly well.

I even tried reducing the length of the sentences by specifying 1 for all
the four - min_words_key/value, max_words_key/value during data creation.
That seemed to work fine too.

So could you pls do this:

1) Generate data using RandomTextWriter having similar characteristics as
your input data set where qsort fails.
2) Try to reproduce the issue (you may have to do a couple of runs of (1)).
Let us know the configuration of RandomTextWriter with which you see
StackOverflow errors in qsort.

I hope I am not asking for too much.. Pls let us know if you need any help
in this regard...

Thanks a lot!

Devaraj

> -----Original Message-----
> From: Andreas Kostyrka [mailto:andreas@kostyrka.org] 
> Sent: Wednesday, June 04, 2008 4:56 AM
> To: core-user@hadoop.apache.org
> Subject: Re: Stackoverflow
> 
> Ok, I've tried it out, the example sort bombs exactly like 
> streaming =>
> 
> http://heaven.kostyrka.org/test.log
> 
> Any recommendations?
> 
> Thanks,
> 
> Andreas
>

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
Ok, I've tried it out, the example sort bombs exactly like streaming =>

http://heaven.kostyrka.org/test.log

Any recommendations?

Thanks,

Andreas

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
On Tuesday 03 June 2008 22:16:05 Andreas Kostyrka wrote:
> On Tuesday 03 June 2008 21:00:49 Runping Qi wrote:
> > ${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
> >
> > >    -r 88 \
> > >    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.KeyValueTextInputFormat \
> > >    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
> > >    -outKey org.apache.hadoop.io.Text \
> > >    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
> > >    <input dir> <ouput dir (ignored)>
>
> One big question? How do I list multiple files instead of an input
> directory?

Ok, after a short peek into the documentation, I figured out that 
setInputPaths takes a commaseperated string.

Anyway, the job is queued, so we'll see if it's streaming in an hour or so.

Andreas

>
> Andreas

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
On Tuesday 03 June 2008 21:00:49 Runping Qi wrote:
> ${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
>
> >    -r 88 \
> >    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.KeyValueTextInputFormat \
> >    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
> >    -outKey org.apache.hadoop.io.Text \
> >    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
> >    <input dir> <ouput dir (ignored)>

One big question? How do I list multiple files instead of an input directory?

Andreas

Re: Stackoverflow

Posted by Chris Douglas <ch...@yahoo-inc.com>.
Ah; you're right, of course. Sorry about that. -C

On Jun 3, 2008, at 12:00 PM, Runping Qi wrote:

>
> Chris,
>
> Your version will use LongWritable as the map output key type, which
> changes the job nature completely. You should use
> ${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
>>    -r 88 \
>>    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.KeyValueTextInputFormat \
>>    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
>>    -outKey org.apache.hadoop.io.Text \
>>    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
>>    <input dir> <ouput dir (ignored)>
> instead.
>
> Runping
>
>> -----Original Message-----
>> From: Chris Douglas [mailto:chrisdo@yahoo-inc.com]
>> Sent: Tuesday, June 03, 2008 11:35 AM
>> To: core-user@hadoop.apache.org
>> Subject: Re: Stackoverflow
>>
>>>> By "not exactly small, do you mean each line is long or that there
>>>> are many records?
>>>
>>> Well, not small in the meaning, that even I could get my boss to
>>> allow me to
>>> give you the data, transfering it might be painful. (E.g. the job
> that
>>> aborted had about 12M lines with with ~2.6GB data => the lines are
>>> not really
>>> long, but longer than 80 chars)
>>
>> Ah, I see. Would it be possible to run the Java sort example over
>> your data? It would be helpful to verify that this is not specific to
>> streaming.
>>
>> ${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
>>    -r 88 \
>>    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.TextInputFormat \
>>    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
>>    -outKey org.apache.hadoop.io.LongWritable \
>>    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
>>    <input dir> <ouput dir (ignored)>
>>
>> This should be close to streaming with cat as the mapper.
>>
>>>> util.QuickSort is only used on the map side, so this shouldn't have
>>>> anything to do with the reduce. Is it always and only the *last*
> map
>>>
>>> Nope, although sometimes it happens earlier.
>>
>> Is it always the same splits when you re-run your job? Though
>> distributing the full dataset may not be feasible, if there are
>> splits that fail consistently then we might be able to work from  
>> that.
>>
>>>> task that fails? If I sent you a patch that would print a trace
> with
>>>> the partitions, would you mind running it? Do you have any other
>>>> settings that differ from the defaults? -C
>>>
>>> If you tell me how to apply it, I'm happy to. (I'm not the biggest
>>> Java
>>> hotshot on this planet, I'm just using the provided 0.17.0 jars,
>>> Guess I
>>> would have to patch the source and run ant. On all nodes or just the
>>> control?).
>>
>> Unfortunately, it would need to be deployed to all the TaskTrackers,
>> and it would be pretty invasive (i.e. I was planning on logging all
>> the offsets from the sort as the stack unwinds from the exception).
>> I'll test something and send it to you, and if it's not too much
>> trouble you can try it.
>>
>>> My hadoop-site.xml:
>>> [snip]
>>
>> Nothing suspect, there. -C

setrep

Posted by Haijun Cao <ha...@kindsight.net>.
It seems that setrep won't force replication change to the specified number immediately, it changed really slowly. just wondering if this is the expected behavior? what's the rational for this behavior? is there way to speed it up? 

Thanks
Haijun

RE: Stackoverflow

Posted by Runping Qi <ru...@yahoo-inc.com>.
Chris,

Your version will use LongWritable as the map output key type, which
changes the job nature completely. You should use 
${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
>    -r 88 \
>    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.KeyValueTextInputFormat \
>    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
>    -outKey org.apache.hadoop.io.Text \
>    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
>    <input dir> <ouput dir (ignored)>
instead.

Runping

> -----Original Message-----
> From: Chris Douglas [mailto:chrisdo@yahoo-inc.com]
> Sent: Tuesday, June 03, 2008 11:35 AM
> To: core-user@hadoop.apache.org
> Subject: Re: Stackoverflow
> 
> >> By "not exactly small, do you mean each line is long or that there
> >> are many records?
> >
> > Well, not small in the meaning, that even I could get my boss to
> > allow me to
> > give you the data, transfering it might be painful. (E.g. the job
that
> > aborted had about 12M lines with with ~2.6GB data => the lines are
> > not really
> > long, but longer than 80 chars)
> 
> Ah, I see. Would it be possible to run the Java sort example over
> your data? It would be helpful to verify that this is not specific to
> streaming.
> 
> ${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
>    -r 88 \
>    -inFormat org.apache.hadoop.mapred.TextInputFormat \
>    -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
>    -outKey org.apache.hadoop.io.LongWritable \
>    -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
>    <input dir> <ouput dir (ignored)>
> 
> This should be close to streaming with cat as the mapper.
> 
> >> util.QuickSort is only used on the map side, so this shouldn't have
> >> anything to do with the reduce. Is it always and only the *last*
map
> >
> > Nope, although sometimes it happens earlier.
> 
> Is it always the same splits when you re-run your job? Though
> distributing the full dataset may not be feasible, if there are
> splits that fail consistently then we might be able to work from that.
> 
> >> task that fails? If I sent you a patch that would print a trace
with
> >> the partitions, would you mind running it? Do you have any other
> >> settings that differ from the defaults? -C
> >
> > If you tell me how to apply it, I'm happy to. (I'm not the biggest
> > Java
> > hotshot on this planet, I'm just using the provided 0.17.0 jars,
> > Guess I
> > would have to patch the source and run ant. On all nodes or just the
> > control?).
> 
> Unfortunately, it would need to be deployed to all the TaskTrackers,
> and it would be pretty invasive (i.e. I was planning on logging all
> the offsets from the sort as the stack unwinds from the exception).
> I'll test something and send it to you, and if it's not too much
> trouble you can try it.
> 
> > My hadoop-site.xml:
> > [snip]
> 
> Nothing suspect, there. -C

Re: Stackoverflow

Posted by Chris Douglas <ch...@yahoo-inc.com>.
>> By "not exactly small, do you mean each line is long or that there
>> are many records?
>
> Well, not small in the meaning, that even I could get my boss to  
> allow me to
> give you the data, transfering it might be painful. (E.g. the job that
> aborted had about 12M lines with with ~2.6GB data => the lines are  
> not really
> long, but longer than 80 chars)

Ah, I see. Would it be possible to run the Java sort example over  
your data? It would be helpful to verify that this is not specific to  
streaming.

${hadoop} jar hadoop-0.17-examples.jar sort -m <num maps> \
   -r 88 \
   -inFormat org.apache.hadoop.mapred.TextInputFormat \
   -outFormat org.apache.hadoop.mapred.lib.NullOutputFormat \
   -outKey org.apache.hadoop.io.LongWritable \
   -outValue org.apache.hadoop.io.Text \
   <input dir> <ouput dir (ignored)>

This should be close to streaming with cat as the mapper.

>> util.QuickSort is only used on the map side, so this shouldn't have
>> anything to do with the reduce. Is it always and only the *last* map
>
> Nope, although sometimes it happens earlier.

Is it always the same splits when you re-run your job? Though  
distributing the full dataset may not be feasible, if there are  
splits that fail consistently then we might be able to work from that.

>> task that fails? If I sent you a patch that would print a trace with
>> the partitions, would you mind running it? Do you have any other
>> settings that differ from the defaults? -C
>
> If you tell me how to apply it, I'm happy to. (I'm not the biggest  
> Java
> hotshot on this planet, I'm just using the provided 0.17.0 jars,  
> Guess I
> would have to patch the source and run ant. On all nodes or just the
> control?).

Unfortunately, it would need to be deployed to all the TaskTrackers,  
and it would be pretty invasive (i.e. I was planning on logging all  
the offsets from the sort as the stack unwinds from the exception).  
I'll test something and send it to you, and if it's not too much  
trouble you can try it.

> My hadoop-site.xml:
> [snip]

Nothing suspect, there. -C

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
On Tuesday 03 June 2008 08:35:10 Chris Douglas wrote:
> > I have no Java implementation of my job, sorry.
>
> Since it's all in the map side, IdentityMapper/IdentityReducer is
> fine, as long as both the splits and the number of reduce tasks are
> the same.
>
> > The data is a representation for loglines, and not exactly small,
> > e.g. the
> > stuff has already been reduced once.
>
> By "not exactly small, do you mean each line is long or that there
> are many records?

Well, not small in the meaning, that even I could get my boss to allow me to 
give you the data, transfering it might be painful. (E.g. the job that 
aborted had about 12M lines with with ~2.6GB data => the lines are not really 
long, but longer than 80 chars)

The expected result was that around 8-10M of lines would be output by the 
reduce task. (The lines are of two different types, one type means that all 
key/values but the first one can be dropped, and the second one is the more 
classical type where all values need to be added up.)

Because the stuff has already been reduced in big chunks already, I'd expect a 
~20% reduction. Still that's useful, considering that each of these lines 
turns into at least one SQL statement after it leaves the hadoop cluster.

>
> > The interesting thing is that it happens inside the last Map task,
> > not in the
> > reducer tasks.
> > As you can see above the mapper cmd is rather on the simple side.
>
> util.QuickSort is only used on the map side, so this shouldn't have
> anything to do with the reduce. Is it always and only the *last* map

Nope, although sometimes it happens earlier.

> task that fails? If I sent you a patch that would print a trace with
> the partitions, would you mind running it? Do you have any other
> settings that differ from the defaults? -C

If you tell me how to apply it, I'm happy to. (I'm not the biggest Java 
hotshot on this planet, I'm just using the provided 0.17.0 jars, Guess I 
would have to patch the source and run ant. On all nodes or just the 
control?).

And no, it's mostly untuned from the default hadoop config, paths and network 
addresses being configured, everything left as is.

OTOH, I would have to try to get enough data into my work queue to have a big 
enough chunk to reproduce it I guess. OTOH, it's not that bad, I stiil have 
over 1TB of logfiles for May to process, so I would just need to take off the 
brakes from hadoop to produce the data needed I guess.

Thanks,

Andreas

My hadoop-site.xml:

<?xml version="1.0"?>
<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="configuration.xsl"?>
<configuration>

<property>
  <name>fs.default.name</name>
  <value>hdfs://ec2-67-202-58-97.compute-1.amazonaws.com:9000</value>
  <description>The name of the default file system.  A URI whose
  scheme and authority determine the FileSystem implementation.  The
  uri's scheme determines the config property (fs.SCHEME.impl) naming
  the FileSystem implementation class.  The uri's authority is used to
  determine the host, port, etc. for a filesystem.</description>
</property>

<property>
  <name>fs.s3.awsAccessKeyId</name>
  <value>XXXXXX</value>
</property>

<property>
  <name>fs.s3.awsSecretAccessKey</name>
  <value>XXXX</value>
</property>

<property>
  <name>mapred.job.tracker</name>
  <value>ec2-67-202-58-97.compute-1.amazonaws.com:9001</value>
  <description>The host and port that the MapReduce job tracker runs
  at.  If "local", then jobs are run in-process as a single map
  and reduce task.
  </description>
</property>



<property>
  <name>hadoop.tmp.dir</name>
  <value>/mnt/tmp/hadoop-${user.name}</value>
  <description>A base for other temporary directories.</description>
</property>
<property>
  <name>dfs.name.dir</name><value>/mnt/hadoop/namedir</value>
</property>

<property>
  <name>dfs.data.dir</name><value>/mnt/hadoop/datadir</value>
</property>
<property>
  <name>mapred.local.dir</name><value>/mnt/hadoop/mrlocal</value>
</property>
<property>
  <name>dfs.replication</name>
  <value>3</value>
  <description>Default block replication.
  The actual number of replications can be specified when the file is created.
  The default is used if replication is not specified in create time.
  </description>
</property>

</configuration>

Re: Stackoverflow

Posted by Chris Douglas <ch...@yahoo-inc.com>.
> I have no Java implementation of my job, sorry.

Since it's all in the map side, IdentityMapper/IdentityReducer is  
fine, as long as both the splits and the number of reduce tasks are  
the same.

> The data is a representation for loglines, and not exactly small,  
> e.g. the
> stuff has already been reduced once.

By "not exactly small, do you mean each line is long or that there  
are many records?

> The interesting thing is that it happens inside the last Map task,  
> not in the
> reducer tasks.
> As you can see above the mapper cmd is rather on the simple side.

util.QuickSort is only used on the map side, so this shouldn't have  
anything to do with the reduce. Is it always and only the *last* map  
task that fails? If I sent you a patch that would print a trace with  
the partitions, would you mind running it? Do you have any other  
settings that differ from the defaults? -C

Re: Stackoverflow

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
On Tuesday 03 June 2008 04:53:22 Chris Douglas wrote:
> Is anyone observing this outside of streaming?
>
> We've been able to reproduce this trace with a bad comparator that
> only returns negative values, but haven't found any uncontrived
> patterns in data that produce this, nor any comparators in 0.17 with
> this property. A bad partitioner also returning only negative values
> would behave similarly, but not this uniformly.


Ok, let's take a look, the hadoop call is like this:

hadoop jar 
$HOME/hadoop-0.17.0/contrib/streaming/hadoop-0.17.0-streaming.jar -output /user/hadoop/$(basename 
$(pwd)) -mapper cat -reducer /home/hadoop/bin/lrp\ --stderr  -jobconf 
mapred.reduce.tasks=88 $CMD

The data is a representation for loglines, and not exactly small, e.g. the 
stuff has already been reduced once.

The bug is probably triggered by size, because reducing the data in two 
seperate smaller runs work fine. I have no small data set that triggers this 
problem.

The interesting thing is that it happens inside the last Map task, not in the 
reducer tasks.
As you can see above the mapper cmd is rather on the simple side.

> How many reducers are you running? Are you using the 0.17 streaming
> jar? Are you running with the default comparator/partitioner? If you
> run the same job as a Java sort, do you see the same behavior? -C

I have no Java implementation of my job, sorry.


Andreas

Hadoop job_200805291303_0088 on ec2-67-202-58-97
User: hadoop
 Job Name: streamjob51857.jar
 Job File: /mnt/tmp/hadoop-hadoop/mapred/system/job_200805291303_0088/job.xml
 Status: Failed
 Started at: Mon Jun 02 16:11:29 GMT 2008
 Failed at: Mon Jun 02 16:13:34 GMT 2008
 Failed in: 2mins, 5sec
 
Kind
% Complete
Num Tasks
Pending
Running
Complete
Killed
Failed/Killed
Task Attempts
map
98.61%
  72  0  0  71  1  4 / 11
  reduce
100.00%
  88  0  0  0  88  0 / 22

Counter
Map
Reduce
Total
File Systems  Local bytes written  2,790,820,175  107,780,646  2,898,600,821
  HDFS bytes read  2,633,043,249  0  2,633,043,249
  Job Counters   Failed map tasks  0  0  1
  Launched map tasks  0  0  86
  Launched reduce tasks  0  0  22
  Data-local map tasks  0  0  69
  Rack-local map tasks  0  0  5
  Map-Reduce Framework  Map input records  12,148,547  0  12,148,547
  Map output records  12,148,547  0  12,148,547
  Map input bytes  2,633,043,249  0  2,633,043,249
  Map output bytes  2,645,311,659  0  2,645,311,659
  Combine input records  0  0  0
  Combine output records  0  0  0
  Reduce input groups  0  0  0
  Reduce input records  0  0  0
  Reduce output records  0  0  0
  Map Completion Graph -  close  
 
Reduce Completion Graph -  close  
 
Change priority from NORMAL to:  VERY_HIGH   HIGH   LOW   VERY_LOW  
 
Go back to JobTracker
 
Hadoop, 2008.

Re: Stackoverflow

Posted by Chris Douglas <ch...@yahoo-inc.com>.
Is anyone observing this outside of streaming?

We've been able to reproduce this trace with a bad comparator that  
only returns negative values, but haven't found any uncontrived  
patterns in data that produce this, nor any comparators in 0.17 with  
this property. A bad partitioner also returning only negative values  
would behave similarly, but not this uniformly.

How many reducers are you running? Are you using the 0.17 streaming  
jar? Are you running with the default comparator/partitioner? If you  
run the same job as a Java sort, do you see the same behavior? -C

On Jun 2, 2008, at 10:12 AM, Andreas Kostyrka wrote:

> Hi!
>
> Trying to run a streaming.jar reduce only (mapper == cat) job, I'm  
> getting the
> following error, any ideas what to do?
>
> TIA,
>
> Andreas
>
> Hadoop map task list for job_200805291303_0088 on ec2-67-202-58-97
> Killed Tasks
> Task	Complete	Status	Start Time	Finish Time	Errors	Counters
> tip_200805291303_0088_m_000023	0.00%
> 	initializing
> 	2-Jun-2008 16:12:05
> 	2-Jun-2008 16:13:41 (1mins, 35sec)
> 	
>
> java.lang.StackOverflowError
> 	at org.apache.hadoop.mapred.MapTask$MapOutputBuffer.compare 
> (MapTask.java:494)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.fix(QuickSort.java:29)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:58)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.
>
>
> 	0
> Go back to JobTracker
> Hadoop, 2008.

Re: Stackoverflow

Posted by Chris Douglas <ch...@yahoo-inc.com>.
The pivot selection is the median of the first, middle, and last  
elements; it should be the best choice for sorted data. It's still  
possible to pick bad pivots, but data that forces hundreds of  
consecutive bad pivot selections should be exceedingly rare. -C

On Jun 4, 2008, at 9:24 AM, Doug Cutting wrote:

> Andreas Kostyrka wrote:
>> java.lang.StackOverflowError
>> 	at org.apache.hadoop.mapred.MapTask$MapOutputBuffer.compare 
>> (MapTask.java:494)
>> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.fix(QuickSort.java:29)
>> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:58)
>> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
>
> Quicksort is known to cause stack overflows when sorting large,  
> already-sorted data.  Could that be the issue here?
>
> http://safari.oreilly.com/0201361205/ch07lev1sec3
> http://www.finesse.demon.co.uk/steven/sorting.html#quicksort
> http://www.seeingwithc.org/topic2html.html
>
> Doug
>

Re: Stackoverflow

Posted by Doug Cutting <cu...@apache.org>.
Andreas Kostyrka wrote:
> java.lang.StackOverflowError
> 	at org.apache.hadoop.mapred.MapTask$MapOutputBuffer.compare(MapTask.java:494)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.fix(QuickSort.java:29)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:58)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)

Quicksort is known to cause stack overflows when sorting large, 
already-sorted data.  Could that be the issue here?

http://safari.oreilly.com/0201361205/ch07lev1sec3
http://www.finesse.demon.co.uk/steven/sorting.html#quicksort
http://www.seeingwithc.org/topic2html.html

Doug

RE: Stackoverflow

Posted by Runping Qi <ru...@yahoo-inc.com>.

Looks like a bug somewhere.

Can you provide the details as to how to reproduce the problem?
In particular, what were your input data and how did you run your job?


Thanks,

Runping

> -----Original Message-----
> From: Andreas Kostyrka [mailto:andreas@kostyrka.org]
> Sent: Monday, June 02, 2008 10:12 AM
> To: core-user@hadoop.apache.org
> Subject: Stackoverflow
> 
> Hi!
> 
> Trying to run a streaming.jar reduce only (mapper == cat) job, I'm
getting
> the
> following error, any ideas what to do?
> 
> TIA,
> 
> Andreas
> 
> Hadoop map task list for job_200805291303_0088 on ec2-67-202-58-97
> Killed Tasks
> Task	Complete	Status	Start Time	Finish Time	Errors
Counters
> tip_200805291303_0088_m_000023	0.00%
> 	initializing
> 	2-Jun-2008 16:12:05
> 	2-Jun-2008 16:13:41 (1mins, 35sec)
> 
> 
> java.lang.StackOverflowError
> 	at
>
org.apache.hadoop.mapred.MapTask$MapOutputBuffer.compare(MapTask.java:49
4)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.fix(QuickSort.java:29)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:58)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
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> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.util.QuickSort.sort(QuickSort.java:82)
> 	at org.apache.hadoop.
> 
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> 	0
> Go back to JobTracker
> Hadoop, 2008.

Re: Patch

Posted by Ted Dunning <te...@gmail.com>.
Yes.  It does.

This can be the source of some imbalanced load in the reducer, but is
essential to correct functioning of the map-reduce model.

Sometimes it is good to actually add some additional salt to the key just so
that the large reduce lists get split up a bit for more equitable
distribution of the reduce workload.  You can only do that if you don't mind
reduces running on partial lists.  Of course, if you could do that, you
probably would have used a combiner already and not needed this hack.

On Fri, Jun 13, 2008 at 1:04 AM, Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>
wrote:

> Sorry, for replying the private email to the mailing list, but I strongly
> believe in leaving the next guy something to google ;)
>
> Anyway, as you seem to be knowledgeable about sorting, one question:
>
> Does hadoop provide all key/value tuples for a given key in one batch to
> the
> reducer, or not?
>
> TIA,
>
> Andreas
>
> On Friday 13 June 2008 02:48:52 you wrote:
> > Great deal; thanks for sending it to me.
> >
> > This has exactly the same pattern described in the JIRA
> > (HADOOP-3442); the partition that fails is nearly sorted and it's
> > selected one of the largest values as its pivot.
> >
> > The fix is checked into the 0.17 branch; if you check it out and
> > deploy it, your jobs should finish without causing the
> > StackOverflowError. If you're noticing inordinately long sort times
> > for your job (i.e. this is a common pattern for your data), then you
> > might consider applying HADOOP-3308 and HADOOP-3442 (the former so
> > the latter applies cleanly). Really sorry you hit this; let me know
> > if the sort times with the 0.17.1 branch are inordinately long, so
> > this can get another iteration if it needs it. -C
>



-- 
ted

Re: Patch

Posted by Andreas Kostyrka <an...@kostyrka.org>.
Sorry, for replying the private email to the mailing list, but I strongly 
believe in leaving the next guy something to google ;)

Anyway, as you seem to be knowledgeable about sorting, one question:

Does hadoop provide all key/value tuples for a given key in one batch to the 
reducer, or not?

TIA,

Andreas

On Friday 13 June 2008 02:48:52 you wrote:
> Great deal; thanks for sending it to me.
>
> This has exactly the same pattern described in the JIRA
> (HADOOP-3442); the partition that fails is nearly sorted and it's
> selected one of the largest values as its pivot.
>
> The fix is checked into the 0.17 branch; if you check it out and
> deploy it, your jobs should finish without causing the
> StackOverflowError. If you're noticing inordinately long sort times
> for your job (i.e. this is a common pattern for your data), then you
> might consider applying HADOOP-3308 and HADOOP-3442 (the former so
> the latter applies cleanly). Really sorry you hit this; let me know
> if the sort times with the 0.17.1 branch are inordinately long, so
> this can get another iteration if it needs it. -C